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El AHUS custodia los documentos generados o recibidos por la Universidad de Sevilla. A este fondo documental se suman otros procedentes de instituciones de enseñanza ya desaparecidas.
1505-1983 FONDOS DE LA UNIVERSIDAD DE SEVILLA: está formado por los documentos generados y recibidos por la Universidad desde sus comienzos en 1505 como Colegio-Universidad de Santa María de Jesús, aunque también conserva documentos de años anteriores, hasta las últimas transferencias realizadas por Órganos y Servicios de la Universidad. Volumen: 3700 legajos, 1500 libros. Se pueden consultar sus fondos en el catálogo. 
1556-1789 UNIVERSIDAD DE MAREANTES: los documentos ingresaron en la Universidad de Sevilla en 1847, conjuntamente con los del Colegio de San Telmo. Volumen: 18 libros, 1 carpeta.
1847-1876 INSTITUTO LOCAL DE SEGUNDA ENSEÑANZA DE OSUNA: creado en octubre de 1847, ocupa el mismo edificio que había sido sede del Colegio-Universidad de Osuna. Se suprime por Real Orden de 24 de febrero de 1876.
1849-1972 ESCUELA NORMAL DE MAESTRAS Y MAESTROS: procedente de las Escuelas Normales de Maestros / Maestras de Sevilla, convertidas posteriormente en Escuela de Magisterio. Abarca hasta su incorporación al sistema universitario español en la década de los 70, ya como Escuela Universitaria de Formación del Profesorado de EGB.
1877-1897 INSTITUTO PROVINCIAL DE SEGUNDA ENSEÑANZA DE SEVILLA: libros Matrices de Inscripciones de Matrículas y Actas de Exámenes de diversas asignaturas.
1887-1972 ESCUELA DE COMERCIO DE SEVILLA: creada en 1887 como Escuela Elemental de Comercio de Sevilla, en 1900 se eleva a la categoría de Superior, y en 1922 pasa a denominarse Escuela Profesional de Comercio. Abarca hasta la incorporación al sistema universitario español en la década de los 70, ya como Escuela Universitaria de Estudios Empresariales.
1932-1936 INSTITUTO ESCUELA DE SEVILLA: su creación supuso una experiencia educativa renovadora, que pretendió mejorar la calidad de la educación de los sevillanos en el marco de la Segunda República. Estaba vinculado a la filosofía educativa de la Institución Libre de Enseñanza.
1932-1936 INSTITUTO NACIONAL DE ENSEÑANZA MEDIA DE VILLAFRANCA DE LOS BARROS (BADAJOZ):documentos del internado del Instituto de Segunda Enseñanza de Villafranca de los Barros. Creado en 1932 en el edificio del Colegio de San José de la disuelta Compañía de Jesús. En octubre de 1936 se ordena su suspensión indefinida, pasando de nuevo el edificio a manos de la Compañía de Jesús.
1505-1836 COLEGIO MAYOR DE SANTA MARÍA DE JESÚS: origen de la Universidad de Sevilla, e íntimamente vinculado a ella, hasta 1771, en que la Universidad se independiza de la tutela del Colegio. El Colegio sigue funcionando hasta su desaparición definitiva en 1836. Su archivo fue adquirido por la Universidad en 1969 y depositado en el Archivo Histórico.Se pueden consultar sus fondos en el catálogo.
1681-1847 REAL COLEGIO DE SAN TELMO: creado por Carlos II en 1681, a instancias de la Universidad de Mareantes, con la finalidad de formar en las artes náuticas a muchachos huérfanos que cubriesen las necesidades de tripulación especializada en las armadas y flotas de la carrera de Indias. El Colegio se suprimió por Real Orden de 20 de julio de 1847, haciéndose entrega de su archivo a la Universidad de Sevilla el 20 de septiembre del mismo año. Volumen: 398 libros, 35 carpetas, 5 legajos. Se pueden consultar sus fondos en el catálogo.
1850-1866 ESCUELA INDUSTRIAL SEVILLANA: única de su clase en Andalucía, se crea oficialmente en septiembre de 1850, como un centro de enseñanzas técnicas de nivel medio. A partir de 1860 se convierte en escuela superior, impartiendo los títulos de ingeniero químico y mecánico hasta su cierre en 1866.
1869-1875 ESTABLECIMIENTOS LIBRES DE ENSEÑANZA: conjunto de fondos documentales procedentes de establecimientos libres de enseñanza, que surgen al amparo de los decretos de 21 de Octubre de 1868, que proclama la libertad de enseñanza, y de 14 de enero de 1869, que autoriza la libre fundación por Municipios y Diputaciones de toda clase de establecimientos de enseñanza. En el Distrito Universitario de Sevilla se crean varios, destacamos: Universidad Libre de Córdoba; Facultad Libre de Farmacia de Cádiz; Facultad Libre Provincial de Farmacia de Sevilla. Tras su supresión, sus archivos se depositan en la Universidad de Sevilla (O. de 15 de octubre de 1873).
1877-1897 INSTITUTO PROVINCIAL DE SEGUNDA ENSEÑANZA DE SEVILLA: libros Matrices de Inscripciones de Matrículas y Actas de Exámenes de diversas asignaturas.
DOCUMENTOS VARIOS: ajenos a los fondos documentales conservados en el AHUS.