La BUS data, como la Institución a la que pertenece, de comienzos del siglo XVI. El origen de la Universidad está en el Colegio de Sta. María de Jesús, fundado por Maese Rodrigo Fernández de Santaella en 1505. En el año 2005, la Universidad celebró la conmemoración del V Centenario de su fundación.
El germen de la Biblioteca fue el núcleo de libros primitivos donados por Fernández de Santaella, al cual se fueron uniendo donaciones y adquisiciones hechas con ayudas económicas de colegiales distinguidos. Más tarde, cuando el Colegio y la Universidad se separaron, muchos de estos libros pasaron a la Universidad como puede verse en algunos libros que conservan el sello de "Colegio-Universidad". Ya emprendida la actividad independiente de la Universidad, la formación de una colección bibliográfica propia se vio favorecida por la incorporación de las bibliotecas de Colegios de los Jesuitas y de la misma Casa Profesa de la Compañía.
Con posterioridad, se unirían bibliotecas pertenecientes a las demás órdenes religiosas establecidas en Sevilla y su provincia que se vieron afectadas por la Desamortización de Mendizábal. Donaciones posteriores de bibliotecas públicas o de particulares continuaron enriqueciendo los fondos bibliográficos de la Biblioteca hasta nuestros días.
Unido a la Biblioteca por Real orden de 7 de Agosto de 1895, se encuentra también el fondo documental correspondiente al Archivo Histórico Universitario, la mejor fuente histórica para el estudio de la Institución. El prestigio de la BUS viene avalado, en buena parte, por la importancia del Fondo Antiguo que conserva y custodia, y cuyo proceso de digitalización contribuye a su amplia difusión y óptima conservación.
La progresiva evolución de la Universidad de Sevilla, con la creación de nuevas Facultades y Escuelas, sólo fue posible mediante la dispersión geográfica de los centros por toda la ciudad. Esta dispersión de centros universitarios ha dado como resultado una dispersión similar de sus respectivas Bibliotecas. No obstante, a lo largo de los últimos años, se han articulado estrategias que han contribuido a reforzar la idea de una Biblioteca única, que permitiese superar las dificultades que se generan de una excesiva descentralización y que facilitase llevar a cabo decisiones colegiadas.
La imagen corporativa de la Biblioteca, plenamente consolidada, la existencia de Portal Web con un único diseño y estilo, la fuerte normalización existente en todos los servicios que se prestan, la coordinación y, sobre todo, el alto nivel de profesionalización de la plantilla han hecho posible que la Biblioteca funcione actualmente como una Biblioteca única que presta sus servicios de manera descentralizada.